X與他稱為隊長的中年男子走在街上，人們以平常心走路，過著極其普通的日子。卻在這日常中發現一點點不平凡的事物。機器人已經不是新鮮事了，路上到處有機器人的存在，從販賣機、無人商店、警察、收銀台、醫院、銀行、居家看護、寵物型的機器人，應有盡有，機器人彷彿沒有天敵似地恣意成長繁殖，為了輔助人類，科學家設計出多樣化的用途。
───聲音將紅色的機器人從夢中喚醒。
年代是RockmanX系列的一百年後，一個身為科學家的少女「雪兒」(Ciel)走入一不知名的地方，在那裡看見了百年前的英雄「ZERO」。
ZERO沒想到，好不容易醒來卻要與百年前的朋友戰鬥…
註:SINGLE COMBAT POSITION是2008年的新版稱呼
一位靠著魔法樂器──符德魯琴四處演奏，尋找自己遺失過去的樂師，庫拉比司；受到天使的詛咒擁有不死之身，活了兩百年。他聽說在某處有個地圖所不記載的城市──佛邸郵鎮，是個被天使庇護的城鎮。於是，庫拉比司前往佛邸郵鎮，想解開身上詛咒之謎……
主角叫做瑞絲特，十歲的小女孩。 她的喉嚨天生不能發聲，只好用寫字跟人交談。 有人告訴她，有個魔法師可以治療她發不出聲音的病症。
